Program Studi Ekonomi Islam berada di bawah naungan Jurusan Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan, Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Universitas Tanjungpura Pontianak. Program studi ini pertama kali diselenggarakan berdasarkan surat mandat dari Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan No. 147/E.E2/DT/2014 tertanggal 17 Februari 2014. Mandat tersebut kemudian diperkuat dengan terbitnya izin operasional penyelenggaraan dari Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi melalui surat No. 16/KPT/I/2016 tanggal 20 Januari 2016. Pada tahun 2017, Program Studi Ekonomi Islam memperoleh akreditasi B dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) berdasarkan SK No. 0941/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2017. Selanjutnya, pada tahun 2024, program studi ini berhasil meraih akreditasi “Baik Sekali” dari BAN-PT dengan SK No. 4305/SK/BAN-PT/AK_KP/S/V/2024.